Cual es la mejor forma de intercambiar datos entre Linux y mi teléfono Android?

Airdroid trabajando

No te líes.

Instala AirDroid en tu teléfono móvil.

Eso si. Si lo instalas, cada vez que lo pongas en marcha acuérdate de desactivar JuiceDefender. O bien, crea una excepción en JuiceDefender. Para ello, abre el programa (me refiero a JuiceDefender, obviamente), vete a Configuración y vete a abajo del todo, a Aplicaciones. Ahí entra en "Configurar Aplicaciones", busca AirDroid y ponlo en modo "activar/pantalla apagada".

De esta forma, JuiceDefender no desactivará el Wifi mientras Airdroid esté funcionando, ni siquiera cuando se apague la pantalla.

Que lo disfrutes.